Carine, ki jih za estonske izdelke zaračunava Rusija, so dvakrat višje od običajnih, in so močno ovirale približevanje baltske države ruskemu trgu. Carine predstavljajo tudi največjo težavo v odnosih med državama.

V Estoniji so prepričani, da gre za politično motivirano ravnanje Rusije, ki na ta način kaže svoje nezadovoljstvo s prozahodno usmerjenostjo Estonije, z njenim približevanjem Natu in diskriminatorno politiko do ruske manjšine.