Poglavitne spremembe in dopolnitve zakona o železniškem prometu se nanašajo na organizacijo investicij v železniško infrastrukturo, ki se ločijo na novogradnje, nadgradnje ter obnovo in vzdrževanje.

Infrastruktura bo v lasti države, ne infrastrukturnega podjetja
Novogradnje bo po novem izvajala gospodarska družba, ki bo v 100-odstotni državni lasti. To bo bodisi posebna družba bodisi bo to delo opravljala družba DDC. Gre za družbo, ki bo v imenu in na račun države opravljala investicije v železniško infrastrukturo. Infrastruktura bo namreč v lasti države, ne infrastrukturnega podjetja, saj bi v nasprotnem primeru pri vlaganju sredstev iz proračuna šlo za nedovoljeno državno pomoč.

Izvajanje nadgradenj, elektrifikacija, izboljšanje nosilnosti, informatizacija sistema vodenja prometa itd., ki se izvajajo pod prometom in v veliki večini brez gradbenega dovoljenja, bodo dodeljeni prek javnih razpisov, na katerih bodo lahko nastopale tudi Slovenske železnice. Obnove in nadgradnje pa bodo izvajale neposredno Slovenske železnice.

Slovenske železnice bodo od zdaj organizirane kot holding
Zakon o družbi Slovenske železnice predvideva holdinško organiziranost Slovenskih železnic, ki bodo imele tri glavne odvisne družbe, za tovorni promet, potniški promet in infrastrukturo. Z oblikovanjem holdinga in tremi družbami v njem se bo po prepričanju ministrstva za promet v največji meri posameznemu podjetju zagotovilo možnost optimalne organizacije za opravljanje osnovnih dejavnosti in s tem zagotovitev možnosti, da se podjetje osredotoči na naloge, ki izhajajo iz pogodb z državo, kot tudi na naloge, ki izhajajo iz tržne dejavnosti. Hkrati pa je holding organiziranost, ki podjetja povezuje na področjih, kjer je integracija procesov v transportu in logistiki potrebna in smiselna.