V ortogonalno strukturo krstilnice danes vodijo kopije vrat, izvirniki so varno shranjeni v stolnični zakladnici Museo dell'Opera del Duomo.

V baptisterij so vodila tri vrata, vsa dela pomembnih mojstrov svojega časa – starejša Andrea Pisana, mlajša Lorenza Ghibertija. Ta je izdelal dvoje, na njih ujel neke vrste lekcijo o temeljnih zapovedih renesančne umetnosti, z dvema kriloma pa tako navdušil Michelangela, da ju je ta poimenoval kar Vrata paradiža.

Kipar in arhitekt Andrea Pisano je izdelal južna vrata, Ghiberti pa severna in vzhodna. Nastala so v obdobju dobrega stoletja – Giottov učenec in sodelavec Pisano jih je začel ustvarjati leta 1330, Ghiberti je zadnja ustvaril med 1425 in 1452. Vmes je likovna umetnost prešla pomembne premene – če je Pisano kljub prvim napovedim renesančne umetnosti še vedno zavezan srednjeveški estetiki, je Ghiberti na svojih mlajših vratih že dokončno utrdil pot renesančnemu kiparstvu.

Bronasta vrata, ki so visoka pet in široka tri metre, je v Sala del Paradiso v muzeju mogoče ponovno skupaj občudovati od četrtka. Do nedavnega so imeli obiskovalci v muzeju priložnost videti le severna in najbolj znana vzhodna vrata. Zdaj so se vrnila tudi najstarejša, Pisanova južna vrata. Vrata so, tako kot tudi severna in vzhodna, restavrirali v delavnici v Firencah. Konservatorsko-restavratorski projekt je stal 1,5 milijona evrov.

Restavratorski projekt je trajal od leta 1978, ko so se začela prva dela na Vratih paradiža. Restavratorska dela na slednjih so bila zaradi kompleksnega procesa sicer končana šele leta 2012, so pa to tudi prva vrata, ki so jih leta 1990 umaknili iz baptisterija. Restavriranje južnih vrat je trajalo tri leta, toliko pa so potrebovali tudi za restavriranje severnih vrat.

Južna vrata, ki jih je Pisano izdelal med letoma 1330 in 1336, krasi 28 panelov. Na 20 so prizori iz življenja sv. Janeza Krstnika, na osmih so upodobljene personifikacije vrlin. Obdaja jih 74 frizov.

Vrata krasi tudi 48 levjih glav. Ena od glav je bila izgubljena v poplavi leta 1966, ki je močno poškodovala vse troje vrat krstilnice.

Potem, ko je dokončal južna vrata, so Pisanu zaupali najpomembnejšo nalogo tistega stoletja v Firencah. Po Giottovi smrti je nadaljeval dela na kampanilu, kjer je s pomočjo sodelavcev dokončal osem velikih skulptur ter 48 od 52 reliefov. Izvirniki so danes prav tako na ogled v Museo dell'Opera del Duomo.

Kiparja sta vrata izdelala za baptisterij, arhitekturo, ki posnema formo krstnega bazena. Gre za starejšo stavno – nastala je med letoma 1059 in 1128 in s svojim marmornim polikromatskim pročeljem pripoveduje o estetskih hotenjih toskanske romanike.