V potresu poškodovana notranjost cerkve je že predstavljala nevarnost za obiskovalce, je povedal pater Niko Žvokelj iz Frančiškanskega samostana Kostanjevica v Novi Gorici. Ko so začeli z obnovo so namreč ugotovili, da so štukature precej poškodovane. "En manjši potres in bi lahko vse skupaj letelo na tla. Obenem pa smo želeli začutiti prvinskost lepote v tej cerkvi."

Restavriranje ladje je trajalo šest let. Odgovorna konservatorka za sakralno dediščino pri novogoriškem Zavodu za varstvo kulturne dediščine, Minka Osojnik: "Restavriranje lunete na slavoločni steni, ki se je obnavljala prvo leto, je bila izredno zahtevna, ker je bila zelo preslikana. Je bilo težko odstraniti umazanijo in neustrezne preslikave. Problem je bil tudi, ker je bila poslikava delo dveh različnih avtorjev, dveh različnih obdobij, in je bilo treba to nekako združiti."

Na koru so ohranjene še originalne štukature iz leta 1639, kar cerkev uvršča med osrednje spomenike 17. stoletja na Slovenskem, je poudarila Marta Bensa, konservatorka restavratorka iz novogoriškega zavoda za varstvo kulturne dediščine: "Štukature so sestavljene iz sparitnega kalcita in apna. To so sestavine tako imenovanega rimskega stucco forte. Zato so pomembne te štukature, ker je njihova kvaliteta izredna."

Čaka jih še prenova prezbiterija. Mirjam Brecelj iz Frančiškanskega samostana: "Glede na finančno konstrukcijo, kaj je bilo narejeno in kaj nas čaka, smo nekje na polovici. Ostal je prezbiterij, skoraj originalen iz 17. stoletja."

Prvi del prenove je stal dobrih 300 tisoč evrov: 60 tisoč so pridobili na razpisih mestne občine Nova Gorica, 40 tisoč pa na razpisih ministrstva za kulturo.