Ugotovilo je, da je sistem sicer zadovoljiv, da pa bi lahko možnosti za primanjkljaj pri pobiranju tega davka še omejili. Davčna in carinska uprava pri pobiranju DDV-ja, ki predstavlja glavni vir prihodkov državnega proračuna, nista najbolj učinkoviti.

Po oceni računskega sodišča je primanjkljaj v letu 2006 znašal 184 milijonov evrov, kar predstavlja 6,4 odstotka celotnih prihodkov iz DDV-ja. Predsednik računskega sodišča Igor Šoltes pravi, da je povprečje v EU-ju sicer 10 odstotkov, tako da je stanje pri nas precej boljše. Gre sicer tudi za eno izmed prvih tovrstnih revizij, ki jih opravljajo računska sodišča v Evropski uniji.

Precej je sicer ekonomije
V povprečju znaša primanjkljaj na davčnega zavezanca, teh je 90.430, okoli 3.000 evrov. Glavni vzroki za izmikanje plačilu DDV-ja so siva ekonomija, napačno obračunavanje, plačilna nesposobnost zavezanca in utaje s pomočjo slamnatih podjetij.

Kot ključne slabosti sistema pobiranja DDV-ja, ki je sicer zadovoljiv, vrhovna revizijska ustanova izpostavlja pomanjkljive evidence in pomanjkanje specializiranih davčnih inšpektorjev. Za izboljšanje sistema je Računsko sodišče predlagalo več ukrepov, na katere se je že odzvala davčna uprava. Ta predlaga spremembe davčne zakonodaje, med drugim uveljavitev sistema solidarne odgovornosti in uvedbo davčnih blagajn.