Stojanović je izkušeni nogometni strokovnjak, ki je v karieri nogomet igral kot branilec, po koncu kariere leta 2001 pa se je v številnih klubih po Sloveniji in po svetu preizkusil še kot trener.

Največ uspeha je požel kot trener Domžal, s katerimi je v letih 2007 in 2008 osvojil naslov državnega prvaka, leta 2007 je v finalu superpokala z 2:1 ugnal prav Koper. Tedaj je lovoriko klubu ob Kamniški Bistrici prinesel Luka Žinko.

Uspešen je bil sicer tudi v tujini, predvsem v Srbiji, kjer je s Crveno zvezdo leta 2014 osvojil tamkajšnjo SuperLigo, potem ko je v napetem zaključku prvenstva osvojil točko več od večnega tekmeca Partizana.

Med letoma 2011 in 2012 je bil tudi selektor slovenske članske nogometne reprezentance, ki jo je vodil na devetih tekmah. Ekipa je pod njegovim vodstvom dvakrat zmagala, dvakrat remizirala in petkrat izgubila. Zadnjič je Slovence vodil 14. novembra 2012 v Skopju, kjer je bila s 3:2 boljša izbrana vrsta Makedonije.

Med letoma 2019 in 2020 je vodil tudi člansko reprezentanco Latvije, a zgolj na petih tekmah, na katerih ni okusil slasti zmage. Med drugim se je pomeril tudi s Slovenijo, ki je bila tedaj v Rigi boljša s 5:0 (med strelce so se tedaj po dvakrat vpisali Domen Črnigoj in Josip Iličić, en gol je zadel Miha Zajc – vsi zadetki so bili doseženi v prvem polčasu).

Nazadnje je Stojanović kot trener deloval v Bolgariji, kjer je vodil Levski iz Sofije.