Po obisku Kenije papež svojo pot v Afriki nadaljuje v Ugandi, kjer se je med mašo v baziliki mučenikov v mestu Namugongo pri Kampali poklonil ugandskim mučenikom. V Namugongu so leta 1886 na ukaz krajevnega kralja ubili 22 katoliških in 23 anglikanskih vernikov, ker se niso želeli odreči svoji veri. Papež se je poklonil vsem 45 mučenikom, ki da so "negovali dar Svetega Duha in brez zadržkov verovali v Jezusa Kristusa".

Med najbolj znanimi mučeniki je Charles Lwanga, ki je kot prefekt služboval na dvoru kralja Bugande Mvange II. in je bil ubit, ker je hotel zaščiti otroke pred kraljevimi spolnimi zlorabami.

Katoličani predstavljajo približno 40 odstotkov ugandskega prebivalstva in so zaslužni za delovanje številnih šol ter bolnišnic po vsej državi.

Aktivisti za pravice istospolno usmerjenih so Vatikanu izrazili razočaranje, ker ni uslišal njihovih prošenj za srečanje s papežem. Prav homoseksualci so ena najbolj preganjanih skupin v Ugandi, ki je bila pred dvema letoma v središču medijske pozornosti zaradi predloga zakona o kaznovanju istospolno usmerjenih, pri čemer so se nekateri poslanci celo zavzemali za smrtno kazen ali dosmrtni zapor.

V mnogih cerkvah po državi se odkrito pridiga proti homoseksualnosti in se spodbuja homofobijo. Aktivisti so pred obiskom papeža pričakovali njegovo kritiko nestrpnosti do homoseksualcev in poudarjali, da bo Frančišek zamudil izjemno priložnost, če se ne bo dotaknil tega problema.

Najnevarnejša pot Frančiška
Po napovedih Vatikana bodo rdeče niti papeževega obiska v afriških državah prav poziv k ohranitvi mirnega sobivanja in strpnosti med kristjani in muslimani, boj proti revščini in socialni izključenosti ter pereča tema podnebnih sprememb.

Petdnevni obisk po Afriki je doslej najnevarnejše potovanje papeža Frančiška. Uganda je bila sicer prva afriška država, ki jo je obiskal kak papež - leta 1964 je bil to Pavel VI. Papež bo v nedeljo obiskal še Srednjeafriško republiko, ki jo je medversko nasilje razklalo na dve polovici.

Med obiskom Kenije je Frančišek pozval k sodelovanju med veroizpovedmi in skupnemu boju proti terorizmu ter posvaril pred radikalizacijo mladih. Obsodil je tudi izkoriščanje naravnih virov in družbeno nepravičnost v Afriki ter ocenil, da bi imel neuspeh podnebnega vrha v Parizu katastrofalne posledice.