Poleg 63-letnega Milutinovića je na zatožno klop haaškega sodišča stopilo še pet obtožencev, vsi skupaj pa so obtoženi vojnih zločinov na Kosovu leta 1999. Med obtoženimi so še nekdanji podpredsednik jugoslovanske vlade Nikola Sainović, nekdanji poveljnik vojske in obrambni minister Dragoljub Ojdanić ter vojaški poveljnik Vladimir Lazarević, ki so se skupaj z Milutinovićem prejšnji teden vrnili v Haag, potem ko so jim do sojenja dovolili ostati na prostosti. Sodili bodo še poveljniku vojske Nebojši Pavkoviću in vodji varnostnih sil Sretenu Lukiću, ki sta bila proti plačilu varščine prav tako na prostosti.

Tožilec Tomas Hannis je dejal, da so vsi na čelu z zdaj pokojnim Miloševićem sodelovali v skupnem zločinskem načrtu, s katerim so želeli spremeniti etnično podobo Kosova. Po njegovih besedah naj bi skušali pregnati znaten del albanskega prebivalstva s Kosova, in sicer z namenom, da bi se spremenila etnična podoba pokrajine, in zagotovti trajni srbski nadzor nad njo.

Tožilec je za Milutinovića, ki je bil takrat predsednik Srbije, dejal, da je imel kot član vrhovnega obrambnega sveta nadzor nad silami policije in vojske ZRJ-ja na Kosovu. Šainović naj bi bil še bolj blizu Miloševiću, saj mu je ta zaupal kosovsko problematiko in je bil vodja neustavnega telesa oziroma skupnega poveljstva vojske in srbske policije v pokrajini, katerega naloga je bila usklajevati akcije na terenu. Po trditvah tožilca je imel Šainović dejanski nadzor nad policijo in vojsko na Kosovu.

Ojdanić je bil kot načelnik generalštaba vojske najvišji vojaški časnik in je imel že zaradi svojega položaja nadzor ne le nad vojaškimi, ampak tudi policijskimi enotami na Kosovu. Podobni vlogi naj bi imela tudi generala Pavković in Lazarević. Prvi je poveljeval tretji armadi, drugi pa prištinskemu korpusu.

Ojdanić se je "opral"
Še pred začetkom predstavitve dokazov tožilstva pa je besedo zahteval general Ojdanić, ki je dejal, da že sedem let čaka na priložnost, ko bo lahko opral umazanijo s svojega imena. Sodnikom je dejal, da gledajo v generala z 42-letno kariero, v kateri je bil večkrat povišan in bil ves čas ocenjen z odliko. Dejal je, da zločinov ni podpiral, ampak jih je preganjal, če je bil o njih obveščen. Dodal je, da ni verjel v možnost bombardiranja njegove države s strani Nata.

Zločini nad kosovskimi Albanci
Obtožnica jih bremeni preganjanja kosovskih Albancev, izgona okoli 800.000 civilistov in pobojev civilistov, ki so jih izvedle srbske sile. Haaški tožilci menijo, da je imel Milutinović formalni nadzor nad srbskimi silami in je zato odgovoren, sam pa trdi, da je nedolžen, saj naj bi imel le malo resnične moči kot srbski predsednik.

Najtesnejši Miloševićev zaveznik
Milutinović je bil najtesnejši zaveznik marca umrlega Miloševića in njegov naslednik na položaju srbskega predsednika, potem ko je Milošević postal predsednik Zvezne republike Jugoslavije. Leta 1999 je Milutinović predstavljal srbsko stran pri pogovorih s kosovskimi Albanci v majhnem francoskem mestu Rambouillet. Pogovori so propadli in sledili so jim 78-dnevni zračni napadi zveze Nato na srbske sile na Kosovu.

Po padcu Miloševića leta 2000 je Milutinović ostal na položaju srbskega predsednika še dve leti, do konca svojega mandata, nato pa se je januarja leta 2003 predal haaškemu sodišču. Mnogi v tujini so ga imeli za glavnega glasnika Miloševića, medtem ko so se Srbi šalili na račun njegove nemoči in ga označevali za človeka, ki se ne vtika v stvari, tudi v svojo službo ne.