McGuinness je bil eden od vodij Ire v rodnem mestu Derry v času krvave nedelje leta 1972, ko so vojaki ubili 14 protestnikov, ki so se zavzemali za državljanske pravice. Oboroženo krilo katoliške politične stranke Sinn Fein je vodil tudi takrat, ko je Ira v Derryju izvedla več bombnih napadov.

Irsko posebno kazensko sodišče ga je dvakrat obsodilo na zaporno kazen. Prvič je bil po poročanju Telegpraha zaprt zaradi aretacije v neposredni bližini domnevno njegovega avtomobila z več kot 100 kilogrami eksploziva in več kot 5.000 naboji, drugič pa zaradi članstva v Iri. McGuinness je sicer trdil, da je Iro zapustil leta 1974.

Nekdanji vodja oborožene skupine je kasneje postal eden glavnih akterjev v prizadevanjih za mir na Severnem Irskem. Po velikonočnem sporazumu leta 1998 je sodeloval tudi v severnoirski vladi.

Odstop z mesta namestnika premierke
Leta 2007 je kot vodja stranke Sinn Fein postal namestnik severnoirske premierke iz protestantske Demokratske unionistične stranke (DUP) Arlene Foster. Velikonočni mirovni sporazum določa, da si oblast na Severnem Irskem protestantska in katoliška stranka delita tako, da vlado vodita premier in njegov namestnik, ki predstavljata obe strani. Januarja je iz protesta proti energetskemu škandalu premierke McGuinness odstopil s položaja in s tem sprožil predčasne volitve.

McGuinness je do konca vztrajal, da je odstopil zaradi političnega prepričanja in ne zaradi bolezni. Po nekajtedenskem boju z redko srčno boleznijo je umrl v starosti 66 let.

Odzivi po smrti
"Čeprav mu ne bom oprostila poti, ki jo je izbral v mladosti, je Martin McGuinness na koncu igral odločilno vlogo pri usmerjanju republikanskega gibanja stran od nasilja," je v odzivu na njegovo smrt zapisala britanska premierka Theresa May in dodala, da je tako pomembno prispeval k severnoirskemu prehodu od konflikta k miru.

Nekdanji britanski premier Tony Blair, eden od načrtovalcev velikonočnega mirovnega sporazuma, je izpostavil, da sporazum ne bi bil mogoč brez McGuinnessa. "Tisti, ki smo končno uspeli doseči mirovni dogovor za Severno Irsko, se zavedamo, da nam to ne bi uspelo brez Martinovega vodstva, poguma in tihega vztrajanja, da preteklost ne bi smela določati prihodnosti," je v sporočilu za javnost zapisal Blair.

Vodja Sinn Feina Gerry Adams je nekdanjega strankarskega kolega označil za strastnega republikanca, ki si je prizadeval za mir, spravo in ponovno združitev svoje domovine.