Dee je deloval na področju znanosti in čarodejstva. Bil je eden izmed najbolj izobraženih ljudi svojega časa. Že zelo mlad je predaval pred polnimi množicami na univerzi v Parizu. Strastno je razširjal matematiko, bil je priznan astronom in vodilni strokovnjak v navigaciji, kjer je učil mnoge, ki so vodili angleške raziskovalne odprave. Istočasno se je posvečal krščanskemu angelskemu čarodejstvu in hermetični filozofiji.

Zadnjo tretjino svojega življenja je posvetil izključno tem iskanjem. Tako zanj kakor tudi za mnoge njegove sodobnike si te dejavnosti niso nasprotovale in so bile skladni svetovnonazorski pogled.

Dee je svoja zadnja leta preživel v revščini v Mortlakeu, kjer je tudi umrl. Na žalost se ne ve, kje je njegov nagrobni spomenik.