Po dnevih težke plovbe skozi razburkane vode okoli Južne Amerike naj bi Magellan naletel na mirnejše morje, ki je posledica delovanja El Nina. Ob pojavu tega fenomena se namreč vode okrog ekvatorialnega dela Tihega oceana ogrejejo, kar spremeni vremenske in vetrovne razmere. Posledica so lahko suho vreme na območju zahodnega Tihega oceana ter več dežja v Peruju in zahodnih obalah Južne Amerike.

Pojav El Nina naj bi se dokazano pojavil tudi leta 1520 in Magellanu omogočil mirno plovbo. "Na El Nino smo se spomnili šele, ko smo poskušali ugotoviti, zakaj so bili vetrovi v času, ko je Megallan vplul v Tihi ocean, tako mirni," je dejal antropolog Scott M. Filzpatrick z Univerze Severna Karolina.