Brankovič vse očitke zavrača. Zapisal je, da ni imel nobenega vpliva na izračun domnevno previsoke plače, saj so mu jo tako kot vsem v družbi izplačevali na podlagi ustaljenih postopkov ustreznih služb. Vsa izplačila oz. prejemki v času njegovega vodenja pa so bili izplačani na podlagi ustreznih procedur, sklepov in listin, je zatrdil.

Napaka strokovnih služb ob izplačilu stroškov za prevoz na delo je bila ugotovljena že med njegovim vodenjem Slovenskih železnic in znesek je tudi že v celoti vrnil. Nagrado za leto 2010 pa so mu izplačali na podlagi smernic takratne agencije za upravljanje kapitalskih naložb in kriterijev nadzornega sveta, ob čemer je poudaril, da je bil takrat poslovni načrt kot najpomembnejši kriterij presežen za približno 56 odstotkov.

Najbolj absurden pa sem mu zdi očitek, da ni plačeval bonitete za službeni avtomobil. "V svoji celotni karieri sem povsod, kjer mi je pripadal službeni avtomobil, plačeval boniteto," je še zapisal Brankovič. Prav tako mu je po pogodbi pripadal voznik družbe v času uporabe avtomobila za službene namene, kadar ga je uporabil v zasebne namene, pa je to tudi napovedal strokovnim službam Slovenskih železnic.

Oškodovanje za skoraj 130.000 evrov
Računsko sodišče je v svoji reviziji ugotovilo, da so bile Slovenske železnice v času Brankovičevega vodenja oškodovane za najmanj 128.000 evrov, je pojasnil namestnik predsednika računskega sodišča Samo Jereb.

Pri določitvi osnovnih plač za januar 2010 niso uporabili osnove, ki je bila priporočena za gospodarske družbe v večinski državni lasti, zato so takratnemu generalnemu direktorju Goranu Brankoviču izplačali za 409 evrov bruto, delavskemu direktorju delavskemu direktorju Albertu Pavliču pa za 368 evrov bruto previsoko osnovno plačo.

Nadzorniki so sklenili pogodbo o zaposlovanju z Brankovičem in s Pavličem, ki vključuje dodatek za delovno dobo, in z njo omogočili, da je družba obračunala in izplačala dodatek za delovno dobo generalnemu direktorju v znesku 3.376 evrov bruto in delavskemu direktorju v znesku 5.095 evrov bruto, čeprav do njega nista bila upravičena.

Plačilo potnih stroškov kljub službenemu avtomobilu
Ob tem so generalnemu direktorju neupravičeno obračunali in izplačali povračilo 1.320 evrov potnih stroškov, čeprav je imel pravico do uporabe službenega vozila. Brankoviču družba tudi ni obračunala bonitete za uporabo službenega vozila v zasebne namene v skupnem ocenjenem znesku 12.516 evrov bruto.

Delavskemu direktorju Pavliču pa so plačali premijo za dodatno pokojninsko zavarovanje v znesku 151 evrov, čeprav do tega ni bil upravičen.

Sporna izplačila nagrad
Sporna so tudi izplačila nagrad. Merila, na podlagi katerih se v Slovenskih železnicah določa spremenljivi prejemek za uspešnost poslovanja, ne vsebujejo zahteve, da bi morala družba zagotoviti vir, iz katerega bi se izplačale nagrade poslovodstvu.

Ker družba ni imela zagotovljenega bilančnega dobička, iz katerega bi se lahko poslovodstvu izplačal spremenljivi prejemek za leto 2010, je z izplačilom nagrade generalnemu direktorju v znesku 25.975 evrov bruto in delavskemu direktorju v znesku 23.378 evrov bruto po mnenju Računskega sodišča ravnala negospodarno.

Jereb je spomnil, da so Slovenske železnice takrat izkazovale izgubo in prejele državno pomoč za napotitev zaposlenih na začasno čakanje na delo. "V pogodbi z zavodom za zaposlovanje se je uprava Slovenskih železnic zavezala, da si to leto, ko bodo prejemali državno pomoč, ne bo izplačevala nagrad za uspešnost," je dejal. "Zavodu z zaposlovanjem smo predlagali, da sproži ustrezne aktivnosti za vračilo 49.000 evrov v proračun. Posledično pa naj Slovenske železnice sprožijo odškodninsko tožbo zoper prejemnika teh sredstev oziroma nadzorni svet, ki je odobril takšno plačilo," je dodal.

Previsoke ali neupravičene odpravnine
Prav tako so izplačevali previsoke odpravnine, ugotavlja Računsko sodišče. Brankoviču, ki je družbo vodil od oktobra 2009 do novembra 2011, so izplačali za 1.815 evrov bruto višjo odpravnino, kot je določena v pogodbi o zaposlitvi.

Generalnega direktorja Igorja Blejca, ki je mesto prevzel novembra 2011 in na njem ostal do marca 2012, pa je nadzorni svet odpoklical s sklepom, ki ni vseboval razlogov za odpoklic, in mu s takšnim ravnanjem omogočilo neupravičeno izplačilo 44.311 evrov bruto odpravnine.

Čeprav je bil Blejec generalni direktor le štiri mesece, je zaposlil generalnega sekretarja in direktorja komerciale, ki sta nato po razveljavitvi pogodb prav tako prejela 33.000 evrov odpravnine. "V tem delu smo predlagali Slovenskim železnicam, naj preučijo možnost odškodninske tožbe zoper Blejca," je pojasnil Jereb.

Pogoste menjave nadzornikov
V tem času se je sicer zamenjalo več nadzornikov, predsedniki nadzornega sveta pa so bili Andrej Godec, Igor Zajec, Bojan Brank in Boris Zupančič.

Slovenske železnice v letu 2009 ustvarile 30 milijonov evrov, leta 2010 19 milijonov evrov, leta 2011 pa 12 milijonov evrov izgube.

Že v preteklosti pa so v družbi večkrat našli nepravilnosti. Že leta 2012 se je izvedelo, da je 109 zaposlenih z individualnimi pogodbami v letih 2009 in 2010 neupravičeno prejelo več kot 145.000 evrov potnih stroškov, in to v času krčenja stroškov in števila zaposlenih.