Obdukcijsko poročilo so objavili dva meseca po izkopu njegovih posmrtnih ostankov, opravili pa so jo zaradi dvomov o okoliščinah njegove smrti. Njegova družina, med njimi njegova hči senatorka Isabel Allende, o uradni različici, ki je njegovo smrt takoj označila za samomor, sicer nikoli ni dvomila.

Dvomi so se pojavili zaradi trditev Allendejevih privržencev, ki so prepričani, da so Allendeja, ki je umrl v predsedniški rezidenci La Moneda, ubili vojaki. V času njegove smrti so rezidenco namreč bombardirala letala in oblegali Pinochetovi tanki.

Dva naboja, ena rana in smrt
Po uradni verziji naj bi se Allende, ko so v rezidenco vdrli vojaki, ustrelil sam, s puško, ki mu jo je podaril njegov prijatelj, takratni kubanski voditelj Fidel Castro. Novo obdukcijsko poročilo zaključuje, da je Allende umrl zaradi dveh strelov iz puške, ki naj bi jo držal med nogama. Puška naj bi bila nastavljena na avtomatsko streljanje, preiskovalci pa so na Allendejevi lobanji našli eno poškodbo, za katero so ugotovili, da sta jo povzročila dva naboja. "Ni dokazov o vpletenosti tretje osebe," je povedal britanski strokovnjak za balistiko David Prayer.

Allendejava hči Isabel je z izsledki obdukcije zadovoljna, saj po njenih besedah dokazujejo, da se je v situaciji, v kateri je bil takrat, raje odločil za smrt kot pa ponižanje.

Prvi predsednik z levega pola
Salvador Allende je bil kot član čilske socialistične stranke prvi "levičarski" predsednik Čila. Položaj je zasedel po volitvah septembra 1970. V času predsedovanja se je lotil številnih reform, med drugim je nacionaliziral čilsko rudarsko industrijo, kar je razjezilo tako opozicijo kot vlado Združenih držav, ki je imela pri tem svoje interese.

Državo so nato paralizirale številne stavke, nemiri pa so vodili do državnega prevrata. Na dan smrti, 11. septembra 1973, je Allende dobil informacijo, da ga namerava del vojske napasti in umakniti s položaja. Po izpovedi prič naj bi v rezidenco Palacio de La Moneda prišel s puško in nameraval od tam voditi odpor proti upornikom. Po neuspešnem odporu je, kot kažejo zdaj uradni izsledki, storil samomor.

Nevaren marksist ali žrtev ameriške zarote
Allende v Čilu še vedno velja za kontroverzno osebo. Del javnosti ga ima za nepoboljšljivega marksista, ki je želel iz Čila ustvariti novo Kubo, del pa je prepričan, da je bil Allende demokratični socialist in žrtev enega izmed iz ZDA sponzoriranih vojaških udarov, ki so v 60. in 70. letih pretresali Južno Ameriko.

Sledilo je 'življenje pod Pinochetom'
Državni udar je na oblast pripeljal zloglasnega generala Augusta Pinocheta, ki je Čilu vladal 17 let. V času njegove vladavine je "izginilo" več kot 3.000 Pinochetovih političnih nasprotnikov. Preiskovalci še vedno raziskujejo vsaj 700 primerov zlorab človekovih pravic.