Cilj sporazuma je mednarodno sodelovanje z namenom ohranjanja evropskih vrst netopirjev. Nevarnosti, ki pretijo netopirjem v Evropi in v neevropskih državah na območju njihove razširjenosti, so skupne selitvenim in neselitvenim vrstam, saj si zatočišča pogosto delijo. Zato sporazum ureja varstvo vseh vrst evropskih netopirjev na celotnem območju njihove razširjenosti in ga lahko podpišejo vse države tega območja ne glede na to, ali so pogodbenice konvencije ali ne. Prav tako lahko sporazum podpišejo tudi neevropske države s populacijami evropskih netopirjev.

Podlaga za sprejem sporazuma je konvencija o varstvu selitvenih vrst prosto živečih živali oziroma t.i. Bonska konvencija, ki poudarja, da so vrste prosto živečih živaline nadomestljivi del naravnega sistema in kot take vrednota, ki jo moramo ohranjati v dobro vsega človeštva. Namen konvencije je ohranjanje selitvenih vrst, ne glede na to, ali se selijo po zraku, kopnem ali vodi. Ker se te vrste selijo na velike razdalje in preko ozemlja več držav, je njihovo varstvo smiselno le na območju njihovega celotnega življenjskega prostora, ki ne upošteva politično dogovorjenih meja.

V Sloveniji 28 vrst netopirjev
Omeniti velja, da v Evropi živi 37 vrst netopirjev, ki so ogroženi zaradi poslabšanja življenjskega prostora, pomanjkanja primernih dnevnih in zimskih zatočišč in motenja v njihovih zatočiščih, uporabe strupenih snovi v kmetijstvu ipd. V Sloveniji je bilo doslej zabeleženih 28 vrst netopirjev, ki jih obravnava omenjeni sporazum, kar je skoraj 76 odstotkov vrst s sporazuma. Slovenija je zato s stališča varstva netopirjev zelo pomembno območje.