Zaradi mejnih nesoglasij med Slovenijo in Hrvaško - spornih je le nekaj točk oz. nekaj tisoč hektarjev ozemlja - so se vse od začetka devetdesetih let prejšnjega stoletja pojavljali številni mejni incidenti. Največkrat so bili to spori med ribiči v Piranskem zalivu ali pa so ribiče "nadlegovali" policisti, češ da lovijo v teritorialnih vodah ene ali druge države. V to medsebojno kazanje mišic so Hrvati že v prvi polovici devetdesetih let posegli z vplutjem vojaške ladje v Piranski zaliv, pozneje pa je okoli Piranskega zaliva plula tudi hrvaška raketna topnjača Petar Krešimir IV.

Spori na morju so postajali pogostejši konec devetdesetih let in na začetku leta 1999 sta državi sklenili dogovor o izogibanju incidentom. Vendar to ni preprečilo nadaljnjih sporov. Zadnji odmevnejši neljubi dogodek se je pripetil letos maja. Hrvaški policisti so slovenskega ribiča opozorili, da domnevno lovi v hrvaških vodah. Slovenski policisti, ki so mu priskočili na pomoč, so opozorili hrvaške policiste, da so v slovenskih ozemeljskih vodah. Hrvaški policijski čoln je nato izvedel agresiven manever proti slovenskemu policijskemu čolnu in ga začel izrivati. Epilog tovrstnih incidentov pa so po navadi protestne note zunanjih ministrstev.

Incident ob Jorasovi hiši
Najbrž najbolj odmeven obmejni incident se je zgodil pred volitvami leta 2004 na mejnem prehodu Dragonja v bližini hiše Joška Jorasa, ki se nikakor ne strinja s tem, da njegova posest leži na hrvaški strani meje. Hrvaške oblasti pa so mu večkrat preprečile prost dostop do slovenskega brega Dragonje, ki si ga je sam uredil.

Leta 2004 so Jorasa obiskali člani stranke SLS in ob odhodu so jih ustavili hrvaški obmejni organi in jih legitimirali. Zahteve hrvaških policistov so zavrnili, zato se je začelo prerivanje. Nekaj ljudi je popadalo po tleh, med njimi tudi tedanji predsednik SLS-a Janez Podobnik. Hrvaški policisti so jih zadržali in odpeljali na policijsko postajo Buje.

Manjše prerivanje pred mejnim prehodom se je znova zgodilo leta 2008. Hrvaški obmejni organi so skušali Jorasu preprečiti prost prehod do slovenske strani meje z betonskimi cvetličnimi koriti. Jorasovi podporniki so jih pozneje skušali odstraniti, vendar so jim to preprečili slovenski in hrvaški policisti.

"Ban Jelačić" na Trdinovem vrhu
Hrvaška je vse od osamosvojitve Slovenijo obtoževala, da je okupirala Trdinov vrh, saj naj bi bil tamkajšnji vojaški objekt Slovenske vojske na hrvaški strani. Večjih incidentov tam ni bilo. Le leta 2003 je tja na belem konju prijahal tedanji hrvaški predsedniški kandidat Slaven Letica. Politične točke si je skušal nabirati tako, da je preoblečen v oblačila, kakršna je sredi 19. stoletja nosil tedanji hrvaški ban, grof Josip Jelačić, prijezdil in poprosil slovenske vojake, če se lahko umaknejo s Svete Gere, kakor Hrvati imenujejo Trdinov vrh.

Gradnja hrvaških mostov na slovenskem bregu Mure
Manjši in večji incidenti se dogajajo tudi na spornih ozemljih na Muri. Hrvaška si na območju med Razkrižjem in Hotizo želi mejo po starem katastru in ne po strugi reke Mure, kakor je potekala v preteklosti. Mura zdaj teče tudi do dva kilometra južneje, kot je po stari strugi. Hrvaška je tako brez soglasje Slovenije postavila most in gradila nasipe na slovenskem levem bregu Mure.

Septembra 2006 je hrvaška policija prijela več slovenskih novinarjev, ki so si ogledovali gradnjo nasipov in ceste na spornem odseku meje. Slovenska policija pa je nato na sporno ozemlje poslala pripadnike posebne enote.

Kako sta mejo razdelila Janez Drnovšek in Ivica Račan?
Mejne incidente bi preprečila stalna določitev meje. Toda hrvaško zavračanje arbitražne odločitve daje slutiti, da se incidentom državi najbrž ne bosta mogli izogniti niti v prihodnosti. Odločitev sodnikov arbitražnega sodišča bo po mnenju nekaterih poznavalcev lahko precej podobna odločitvam, ki so zapisane v sporazumu Drnovšek-Račan, ki ga je hrvaška stran prav tako zavrgla.

Sporazum, parafiran leta 2001, je predvideval, da bi večji del Piranskega zaliva pripadal Sloveniji, ki bi s posebnim koridorjem dobila dostop do mednarodnih voda. Hrvaška pa bi obenem obdržala morsko mejo z Italijo.

Zaselki ob Dragonji, tudi hiša Joška Jorasa, bi pripadli Hrvaški. Njihovi prebivalci pa bi lahko pridobili slovensko državljanstvo in dobili možnost izkoriščanja zdravstvenih, šolskih ter drugih storitev na svojem ozemlju.

Meja na Trdinovem vrhu bi po omenjenem sporazumu potekala po njegovi polovici, prek vrha, vojašnica pa bi pripadla Hrvaški. Meja na Muri naj bi postala prijaznejša do tamkajšnjih prebivalcev in bi potekala deloma po katastru, deloma po zdajšnji strugi Mure. Pri Murišču pa naj bi zamenjali hrvaške parcele za slovenske, ki so na desnem bregu Mure.