Gotovina se je rodil 12. oktobra 1955 na otoku Pašman pri Zadru, kasneje pa se je skupaj z družino preselil v Pakoštane.

Tujska legija
Leta 1973 se je pridružil tujski legiji pod psevdonimom Ivan Grabovac. Najprej je bil član padalskega regimenta, nato pa se je pridružil elitni posebni enoti. Sodeloval je v operacijah v Zairu in Slonokoščeni obali. Po petih letih služenja je odšel s činom desetnika in francoskim državljanstvom.

V 80. letih je delal za zasebne francoske varnostne službe, proti koncu desetletja pa se je preselil v Južno Ameriko in pomagal nekaterim paravojaškim skupinam v Argentini in Gvatemali. V Kolumbiji je spoznal svojo bodočo soprogo Ximeno.

Leta 1990 se je preselil nazaj v domovino, leto kasneje, ko se je začela vojna na Balkanu, je postal poveljnik vojske. Zaradi bogatih vojaških izkušenj je hitro pritegnil pozornost nadrejenih in lezel po hierarhični lestvici. Leta 1992 je napredoval v brigadirja, leta 1994 pa je že nosil čin generalmajorja.

Nevihta
Gotovina je avgusta 1995 vodil najbolj znano hrvaško operacijo Nevihta (Oluja), s katero je hrvaška vojska osvobodila Krajino. Zaradi množičnega pregona Srbov so se morale hrvaške oblasti kasneje zagovarjati zaradi obtožb, da so izvajale etnično čiščenje.

Ko se je vojna končala, je Gotovina postal hrvaški narodni junak, po objavi obtožnice pa so oblasti, tudi zaradi pritiska mednarodne skupnosti in EU-ja, privolile v zahtevo, naj ga ujamejo.

Ko se je vojna končala, je Gotovina postal hrvaški narodni junak, vendar je bil leta 2000 razrešen vojaške dolžnosti zaradi obtožb, da je pripravljal državni udar. Zaradi pomanjkanja dokazov Gotovina nikoli ni bil uradno obtožen.

Udarec za Hrvaško
Julija 2001 pa je prišel udarec za Hrvaško, saj je haaško sodišče izdalo obtožnico za Gotovino in Rahima Ademija, v kateri ju je obtoževalo vojnih zločinov. Ademi se je predal prostovoljno, Gotovina pa je, ob veliki podpori politike in javnosti, pobegnil v neznano. Oblasti so, tudi zaradi pritiska mednarodne skupnosti in EU-ja, kasneje privolile v zahtevo, naj ga ujamejo oziroma sodelujejo pri lovu nanj.