Na prvi stopnji sta bila Stanišić in Simatović obtožena, da sta med vojno na območju nekdanje Jugoslavije organizirala, financirala, oskrbovala in nadzirala srbske paravojaške formacije z namenom, da bi vzpostavili nacionalno homogeno območje Srbov na Hrvaškem ter v Bosni in Hercegovini.

To naj bi dosegli z združevanjem v zločinsko organizacijo in z nasilnim odstranjevanjem nesrbskega prebivalstva, predvsem Hrvatov in muslimanov, kar je vključevalo pregon in umore, je danes povedal tožilec Douglas Stringer. Obtožnica ju bremeni pošiljanja "enot smrti" na Hrvaško in v BiH.

Sojenje proti njima se je začelo leta 2009, maja 2013 pa je haaško sodišče na prvi stopnji zanju razglasilo oprostilno sodbo, ker ni bilo dovolj dokazov, da sta pošiljala srbske enote na Hrvaško ter v Bosno in Hercegovino z namenom, da bi zagrešili vojne zločine. Prav tako ni bilo dokazov njunega namena, da bi sodelovala v združenem zločinskem podvigu, je ocenilo sodišče.

Prvostopenjska sodba, po kateri sta bila izpuščena na prostost, je razburila javnost na Hrvaškem, v Srbiji pa so bili z razsodbo zadovoljni. Dve leti kasneje pa je prizivni senat haaškega sodišča sodbo zaradi napačne interpretacije zakonov razveljavil in vrnil sojenje na začetek. V haaški pripor sta se vrnila pred začetkom vnovičnega sojenja.