Jakomin je bil do leta 2004 nadzornik Luke Koper, v obdobju, ko je družbo vodil Robert Časar, pa svetovalec uprave, zato so se pojavila namigovanja, da je bil tudi on vpleten v zgodbo z nakupom zemljišč v Sežani in da naj bi imel tudi velik vpliv pri oblikovanju revizijskega poročila.

Minister za promet Patrick Vlačič o tem pravi: "Te povezave niso nič novega, so bile znane, še preden se je revizija začela. Sem pa že takrat eksplicitno zahteval, da se natančno pogledajo tudi posli in pogodbe, pri katerih je bil on zraven."

Ob informaciji, da vsi posli, v katerih je sodeloval Jakomin, niso bili pregledani, pa je minister dejal: "Če bi se pojavil dvom, ali je revizija to dovolj dobro pogledala, lahko naročimo še dodaten pregled, tudi policija pregleduje vse te stvari. Torej če bi se pojavila potreba, da se to dodatno preišče, mi s tem nimamo nobenih težav."

Na te očitke so se že odzvali na prometnem ministrstvu, kjer so vse navedbe odločno zanikali. Kot so zapisali v sporočilu za javnost, je Igor Jakomin z Luko Koper sodeloval izključno na strokovni osnovi, pri čemer ni nikoli sprejemal kakršnih koli odločitev v Luki Koper, prav tako pa ni sodeloval pri pogovorih glede nakupa spornega zemljišča ali cene zemljišča niti se ni, kot pravijo na ministrstvu, o tem nikoli z nikomer pogovarjal.

Ministrstvo ob tem tudi zavrača očitke, da bi imel Jakomin kakršno koli vlogo pri reviziji poslovanja Luke Koper, saj naj bi bilo zaradi razjasnitve vseh morebitnih nejasnosti in zaradi zagotavljanja popolne transparentnosti na Jakominovo izrecno željo revizorjem še posebej naročeno, naj pregledajo tudi vse posle, v katerih je v funkciji zunanjega svetovalca sodeloval prav on.

Luka Koper: Nihče ni vplival na revizijo
Oglasili so se tudi v Luki Koper, kjer tudi ostro zavračajo "vsakršne očitke in namigovanja o kakršnem koli vplivanju na izvedbo posebne revizije. Na delo revizorske hiše nista vplivala ne uprava družbe, ne nadzorni svet".

"Uprava in nadzorni svet Luke Koper nimata razlogov, da bi dvomila v delo in poročilo posebnih revizorjev, saj smo prepričani, da je bil celoten postopek opravljen skladno s pravili stroke in pooblastil, ki jih revizorji v takšnih primerih imajo. Pri tem se je potrebno zavedati, da so pooblastila revizorjev omejena in niso primerljiva s pooblastili organov pregona," so še zapisali v sporočilu za javnost.