Pogačnik je na spletnih straneh novogoriške Evropske pravne fakultete objavil članek, v katerem pojasnjuje, da je arbitražni sporazum v nasprotju z Zakonom o razglasitvi zaščitne ekološke cone in epikontinentalnem pasu RS iz leta 2005. Ta zakon določa, da se "dokončna zunanja meja zaščitne ekološke cone določi s sporazumom s sosednjimi državami v skladu z mednarodnim pravom /.../, meja epikontinentalnega pasu s Hrvaško pa da bo določena z mednarodnim sporazumom med državama".

Za razmejitev bi bil potreben dvostranski sporazum
To po njegovih besedah pomeni, da bi morala Slovenija s Hrvaško za razmejitev skleniti dvostranski sporazum o meji, ne pa reševanje mejnega vprašanja "prenesti na tretjega", tj. arbitražno sodišče. Gre za "eklatantno kršitev veljavne zakonske norme", kar pomeni, da je "vlada sprejela arbitražni sporazum nezakonito".

MZZ Pogačnikove navedbe zavrača
Na Pogačnikove navedbe se je že odločno odzvalo ministrstvo za zunanje zadeve. Njegove navedbe so na MZZ-ju zavrnili in poudarili, da gre za "samo še eno v vrsti njegovih strokovnih zavajanj ali napak".

"Dejstvo je, da skladno s 70. členom zakona o zunanjih zadevah pobuda vsebuje tudi navedbo, da bosta pogodbenici v šestih mesecih po razglasitvi arbitražne odločbe spremenili veljavne predpise, če bo to potrebno," poudarjajo na ministrstvu in dodajajo, da je vlada na to opozorila tudi v predlogu zakona o ratifikaciji arbitražnega sporazuma.

Konkretnih predpisov, ki jih bo Slovenija morebiti morala spremeniti, vlada še ni navedla, saj bo šele po razsodbi arbitražnega sodišča jasno, katere predpise, če sploh, bo treba spremeniti.

"Nezakonita so bila izhodišča za pogajanja leta 2008"
Ker je arbitražni sporazum mednarodna pogodba oz. mednarodni sporazum skladno z 69. členom zakona o zunanjih zadevah in Dunajsko konvencijo o pogodbenem pravu iz leta 1969, je nasprotno s trditvami Pogačnika izpolnjen pogoj iz 5. člena zakona o razglasitvi zaščitne ekološke cone in epikontinentalnem pasu, ki določa, da bo meja epikontinentalnega pasu s Hrvaško določena z mednarodnim sporazumom med državama, še pojasnjujejo na MZZ-ju.

Nasprotno pa je bila informacija o izhodiščih za pogajanja o posebnem sporazumu iz aprila 2008, ki jo je strokovno pripravil Pogačnik brez sodelovanja sektorja za mednarodno pravo, torej strokovne službe ministrstva, nezakonita. Ta namreč ni vsebovala niti ustrezne pravne podlage (70. člena zakona o zunanjih zadevah) niti vseh z zakonom določenih elementov, trdijo na MZZ-ju.

Pogačnikova teza, da je arbitražni tribunal "meddržavna organizacija naddržavne narave" je po mnenju MMZ-ja napačna, saj je edina taka organizacija Evropska unija, arbitraža pa je sredstvo mirnega reševanja sporov.