Komisija za preprečevanje korupcije (KPK) je v postopku, ki ga je zaključila konec leta 2020, ugotovila, da se Milan Škafar marca 2020 ni izločil iz glasovanja občinskega sveta za podelitev občinskega priznanja za dolgoletno družbeno in politično udejstvovanje v različnih organih in funkcijah v lokalni skupnosti. Kandidat za nagrado je bil namreč Škafar sam.

Po ugotovitvah KPK-ja je bil občinski svetnik predhodno ustno in nato še pisno s pravnim mnenjem občinske uprave seznanjen, da gre pri njegovem ravnanju za nasprotje interesov na podlagi zakona o integriteti in preprečevanju korupcije ter da je njegova dolžnost kot funkcionarja izločiti se iz glasovanja. Ker tega ni storil, je po ugotovitvah KPK-ja kršil določbe zakona o dolžnem izogibanju nasprotju interesov.

Škafar je zoper ugotovitve KPK-ja vložil upravni spor, a ga je sodišče v celoti zavrnilo. Med drugim je v sodbi zapisalo, da se "od funkcionarjev pričakuje, da poznajo svoje obveznosti in dolžnosti ter da poznajo določbe zakona o integriteti in preprečevanju korupcije", so še sporočili s KPK-ja. V slednji še opozarjajo, da sodi glasovanje zase med najbolj tipične okoliščine, ki ustvarjajo nasprotje interesov.