Johnstonove pesmi in besedila zaznamujeta iskrenost in brutalna pristnost. V svoji karieri je izdal 17 albumov, ki jih je večinoma posnel sam v domačem studiu. Najbolj znan je album Hi how are you?, v katerem je opisal svoj boj z bipolarno motnjo. Poleg albumov je z rednimi nastopi na teksaških odrih močno zaznamoval teksaški in ameriški pop, rock in pank.

Med njegovimi največjimi oboževalci je bil nekdanji pevec skupine Nirvana Kurt Cobain, ki je Johnstona pogosto omenjal kot najboljšega ameriškega tekstopisca. Leta 2005 je izšel tudi dokumentarec The Devil and Daniel Johnston, ki opisuje glasbenikov vpliv na sodobno glasbo in njegov boj z duševno boleznijo.