Sodniki ocenjujejo, da tako intenziven način podpornega delovanja države pri omogočanju duhovne oskrbe v zaporih in bolnišnicah presega meje, določene z ustavnim načelom o ločenosti države in verskih skupnosti.

Zahtevo za presojo ustavnosti je podal državni svet februarja 2007, ki meni, da so sporna določila glede državnega financiranja verskih skupnosti. Pobudo je dal državni svetnik Zlatko Jenko, ki meni, da zakon krši enakopravnost vseh verskih skupnosti, društev in posameznikov ter načelo ločenosti države od cerkve.

Razveljavitev začne veljati čez leto dni
Razveljavitev zakona začne veljati eno leto po objavi odločbe v uradnem listu, s tem pa je sodišče skladno z načelom zaupanja v pravo preprečilo možnost nenadne spremembe položaja duhovnikov, ki so morebiti že zaposleni. Zakonodajalcu je dalo dovolj časa, da uredi njihov položaj po začetku učinkovanja razveljavitve in poskrbi za morebitno drugačno ureditev verske duhovne oskrbe v zavodih za prestajanje kazni, zaporih in javnih bolnišnicah.

Razveljavljen je tudi del 13. člena zakona, ki določa, da se cerkev ali druga verska skupnost lahko registrira, če ima najmanj 100 polnoletnih članov, ki so slovenski državljani ali tujci, ki imajo na njenem ozemlju prijavljeno stalno prebivališče, in deluje v Sloveniji najmanj zadnjih deset let. Sodišče namreč meni, da ti pogoji tako zožujejo človekovo pravico do svobodnega delovanja verskih skupnosti, da pomenijo poseg vanjo.

Sodnica Marija Krisper Kramberger in sodnik Miroslav Mozetič sta na soglasno sprejeto odločbo dala delno pritrdilni in delno odklonilni ločeni mnenji.