S sprejetjem sklepa je usklajeno tudi delovaje zavoda z določbami letos sprejetega zakona o varstvu kulturne dediščine, opredeljene pa so še njegove naloge, način financiranja ter razmerje med ustanoviteljem in zavodom. Sklep določa dve organizacijski enoti v sestavi zavoda – služba za kulturno dediščino in center za konservatorstvo.

Prva predstavlja enoto za varstvo nepremične dediščine in se deli na območne enote Celje, Kranj, Ljubljana, Maribor, Nova Gorica, Novo mesto, Piran in novo enoto Murska Sobota.
Center za konservatorstvo pa je ločeno na restavratorski center in center za preventivno arheologijo. Poleg omenjenih enot so v zavodu predvideni tudi sektorji za izvajanje posameznih nalog varstva.

Z novim generalnim direktorejm
Sklep opredeljuje dejavnosti posameznih organizacijskih enot - opravljanje nalog v okviru državne javne službe, naloge na podlagi javnega pooblastila ter naloge, ki se ne financirajo iz proračuna, namenjenega kulturi. Kot novost uvaja generalnega direktorja, strokovna direktorja obeh glavnih enot, ob tem pa določa tudi njihove naloge in pristojnosti, pogoje za opravljanje dela ter načine imenovanja in razrešitve.

Sprememba sestave sveta zavoda
Bistvene spremembe v organizaciji, nalogah in dejavnosti zavoda, ki izhajajo iz zakona, ter spremembe zakona o uresničevanju javnega interesa za kulturo, ki jih je naložilo ustavno sodišče z odpravo prvega odstavka 41. člena tega zakona, določajo tudi spremembo sestave sveta zavoda, na novo konstituirati svet in strokovni svet ter imenovanje generalnega direktorja zavoda.

Z uveljavitvijo sklepa preneha mandat dozdajšnjemu direktorju (Robert Peskar), razlogi za to pa so po besedah vladnega urada za komuniciranje tako organizacijske spremembe kot spremembe dejavnosti še v sodbi upravnega sodišča, ki je odpravilo odločbo ministrstva za kulturo, s katero je bil dozdajšnji direktor izbran na javnem razpisu in je bila zadeva vrnjena v ponovni postopek.