Delovno skupino, ki bo pripravila koncept muzeja in strategije za njegovo izvedbo, bo vodila državna sekretarka ministrstva za kulturo Jelka Pirkovič, sestavljajo pa jo še Alenka Bratušek (ministrstvo za finance), Marjan Hribar (ministrstvo za gospodarstvo), Marko Starman (ministrstvo za okolje in prostor), Anja Muck (ministrstvo za šolstvo in šport), Janez Možina (ministrstvo za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo), Lojze Peterle (iniciativni odbor za Evropski muzej Krasa), Franci Rokavec (službe vlade za strukturno politiko in regionalni razvoj) in Katja Buda (direktorica RRA Notranjsko-kraške regije).

Muzej naj bi začel delovati leta 2008, ko bo Slovenija prevzela predsedovanje Evropski uniji, njegovo oblikovanje pa je predlagal iniciativni odbor, ki ga vodita Lojze Peterle in profesor Tomaš Valena. Prispeval naj bi predvsem k prepoznavnosti Slovenije v Evropi in svetu ter pomenil tudi svojevrstno nadgradnjo ponudbe Krasa.